Die Römisch-Germanische Kommission (RGK) wird von der leitenden Direktorin Kerstin P. Hofmann und dem stellvertretenden Direktor Lukas Werther geleitet, die sich in ihrer fachlichen Expertise ergänzen.

In ihrer Arbeit werden sie von einem wissenschaftlichen Referenten für Allgemeine Aufgaben, dem Direktionssekretariat sowie einer wissenschaftlichen Hilfskraft für Direktionsaufgaben unterstützt. Die Direktion leitet das Alltagsgeschäft der RGK und entwickelt in Abstimmung mit dem wissenschaftlichen Beirat das Profil des Forschungsinstituts. Hierzu gehören u. a. die Erarbeitung eines die Schwerpunktregionen und -themen der RGK integrierendes Forschungs­programms und die strategische Planung der Forschungsorganisation, inklusive der Forschungsinfrastrukturen der RGK. Sie setzt sich zudem dafür ein, dass die RGK als Kooperations- und Kommunikations­schnittstelle für länderübergreifende, interdisziplinär arbeitende archäologische Forschung und Wissenskommunikation fungiert.

Die leitende Direktorin und der stellvertretende Direktor repräsentieren das Institut nach außen, wie auch gegenüber den zentralen Organen des Deutschen Archäologischen Instituts und dem wissenschaftlichen Beirat. Neben internen Abläufen schlägt sich dies insbesondere in den verschiedenen Tätigkeits- und Forschungsberichten und der Außendarstellung bzw. Wissenschaftskommunikation der RGK nieder. Ebenso repräsentieren Sie die RGK in zahlreichen nationalen und internationalen Gremien und Verbänden. Ferner betreut der Direktionsbereich Gäste und Stipendiat:innen der RGK, organisiert Veranstaltungen wie die Abendvorträge und ist Schnittstelle des Instituts mit dem Förderverein Freunde der Archäologie in Europa e. V.