Kooperation, national wie international, ist ein zentrales Element der Arbeit an der Berliner Zentrale. Sowohl im Bereich der Forschung und der Forschungsinfrastrukturen als auch bei dem Schutz, dem Erhalt und der Vermittlung des kulturellen Erbes ist vertrauensvolle Zusammenarbeit vieler unterschiedlicher Partner, Institutionen und Disziplinen unerlässlich. Gleichzeitig bildet die Zentrale mit ihrer Bibliothek und dem Lepsius-Kolleg einen Kommunikationsort für internationale Forschung und Vernetzung. Die Zentrale unterhält daher eine Vielfalt von Kooperationen, die oft auf jahrelanger Zusammenarbeit und auch persönlichen Freundschaften gründen. Ihre Mitarbeiter:innen engagieren sich stark in der Clusterforschung des Deutschen Archäologischen Instituts und sind in zahlreichen Gremien, Vereinen und Verbänden vertreten. Als vernetzende Einrichtung der weiten Community dient die Zentrale des DAI zudem als Koordinationszentrum für große Verbundprojekte wie NFDI4Objects, KulturGutRetter oder das Archaeological Heritage Network.