Die Arbeit der Abteilung Istanbul des Deutschen Archäologischen Instituts besteht im Wesentlichen aus drei Säulen: (1) Kulturelle Archive und wissenschaftliche Infrastruktur, (2) Wissenschaftliche Kommunikation und (3) Projekte in Forschung und Kulturerhalt.  Die Leitung der Abteilung liegt beim Ersten Direktor, der durch den Zweiten Direktor, der ebenfalls Leitungsaufgaben wahrnimmt, vertreten wird. Drei Referenten und ein wissenschaftlicher Mitarbeiter vertreten die Fächer Prähistorische Archäologie, Vorderasiatische Archäologie, Klassische Archäologie und Byzantinische Archäologie. Der Zweite Direktor ist zugleich Fachvertreter für die Archäologische Bauforschung und die Baudenkmalpflege. Direktoren, Referenten und wissenschaftliche Mitarbeiter übernehmen anteilig Forschungsaufgaben und Aufgaben im Bereich der wissenschaftlichen Dienstleistung. Sie werden dabei von drei Wissenschaftlichen Hilfskräften unterstützt, die gleichzeitig im Rahmen von Projekten der Abteilung oder unter Nutzung der Archive des DAI Promotionsvorhaben an deutschen Universitäten verfolgen. In den Arbeitsbereichen Bauforschung und Kulturerhalt, IT und Forschungsdatenmanagement sowie Bibliothek und Archive sind mehrere Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler als Lokalbeschäftigte angestellt, die weitere vielfältige Aufgaben in der wissenschaftlichen Dienstleistung übernehmen.  Eine wechselnde Zahl von Wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern in Drittmittelprojekten der Abteilung sind an verschiedenen Standorten in Deutschland tätig.Die Abteilung verfügt über eine eigene Verwaltung und ein Sekretariat, das neben Sekretariats- und Assistenzaufgaben für die Leitung auch das Müller-Wiener-Kolleg betreut.

Die Forschungstätigkeit der Abteilung Istanbul ist in starkem Maße durch das langfristige Engagement an den UNESCO-Welterbestätten Göbekli Tepe, Boğazköy/ Ḫattuša und Pergamon geprägt, deren Leitung personell an der Abteilung Istanbul angesiedelt ist bzw. die in Kooperation mit türkischen Hochschulen durchgeführt werden (Göbekli Tepe: Universität Istanbul). Die Projekte, die im Auftrag und mit Genehmigung des Ministeriums für Kultur und Tourismus der Republik Türkei durchgeführt werden, sind als internationale Forschungsplattformen gestaltet, in die Studierende sowie Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler aus der Türkei, aus Deutschland und aus zahlreichen anderen Ländern im Rahmen ihrer Aus- und Weiterbildung oder mit eigenen Teilprojekten integriert sind. An den genannten Plätzen finden zudem umfangreiche Maßnahmen der Baudenkmalpflege statt. Darüber hinaus führt die Abteilung mehrere kurz- und mittelfristige Forschungsvorhaben in Kooperation mit türkischen und internationalen Partnern durch. Diese Projekte sind so gewählt, dass sie das thematische und räumliche Spektrum der Abteilung gezielt ergänzen und erweitern.

Die Bibliothek der Abteilung ist eine der größten archäologischen Fachbibliotheken in der Türkei und bietet darüber hinaus reiche Bestände insbesondere zur Architekturgeschichte Istanbuls. Sie umfasst etwa 60.000 Bände und 200 laufende Zeitschriften sowie zahlreiche digitale Publikationen. Den Schwerpunkt bilden Werke zur Archäologie und Baugeschichte Anatoliens und seiner Nachbarregionen.

Die Fotothek umfasst über 97.000 archivierte Bildträger; im getrennt verwalteten Pergamonarchiv werden weitere 114.486 Bildträger aufbewahrt. In den letzten Jahren lag der Schwerpunkt auf der Digitalisierung der reichen Bestände und ihrer Zugänglichmachung und Vermittlung über die iDAIworld und in thematischen Ausstellungen.

Wir beherbergen Archive der Projekte Boğazköy/Ḫattuša und Pergamon, ein allgemeines Wissenschaftsarchiv der Abteilung und ein Archiv zur Abteilungsgeschichte. Weitere Archive im Aufgabenbereich der Abteilung (u. a. Projekt Göbekli Tepe, Euphrat-Archiv) sind an der Zentrale des DAI in Berlin angesiedelt.

In der Redaktion werden die Publikationen der Abteilung, u.a. die "Istanbuler Mitteilungen", die "Istanbuler Forschungen" sowie die Reihen BYZAS, MIRAS und „Archeologica Euphratica“ betreut. Darüber hinaus ist die Redaktion in die Betreuung von Manuskripten für die Publikationsreihen der Grabungsplätze Boğazköy/ Ḫattuša und Pergamon eingebunden, die an der Redaktion der Zentrale des DAI angesiedelt sind.

Der Arbeitsbereich IT und Forschungsdatenmanagement betreut die IT-Infrastruktur der Abteilung und ihrer Projekte, koordiniert das Forschungsdatenmanagement und unterstützt die Projekte in der Nutzung von archaeoinformatischen Anwednungen aus der iDAIworld und darüber hinaus. Weiterhin ist die digitale Öffentlichkeitsarbeit einschließlich Social Media an dem Arbeitsbereich angesiedelt.

Im Wolfgang-Müller-Wiener-Kolleg der Abteilung stehen Kollegiatenzimmer für Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter von DAI-Projekten, für Reisestipendiatinnen und -stipendiaten sowie für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler zur Verfügung, die Forschungen in Istanbul durchführen, die im Interesse des DAI liegen.