Dokumente und Bilder sind nicht bloß Zeugnisse der Vergangenheit, vielmehr sind sie bedeutende Wissensspeicher die als Korrektiv der Wissenschaftsgeschichte und als Quelle neuer Forschungsfragen dienen kann. Die Abteilung Istanbul verfügt über vier separat geführte Archive  - das Abteilungsarchive, die Fotothek, das Pergamon-Archiv und das Boğazköy-Archiv -  denen Akten, Nachlässe sowie Grabungs- und Surveydokumentation des Insituts und der Forschungsprojekte aufbewahrt, erschlossen und zugänglich gemacht werden.

Die Archive, insbesondere die des Fotoarchives haben eine herausragende Bedeutung für die türkische Wissenschaftslandschaft und die Denkmalpflege in Istanbul und stellen eine unschätzbare Ressource der Wissensmehrung dar.
Der Aufbau des Abteilungsarchivs begann 2011. Hauptbestandteile des Archivs sind die Akten des Direktoriums, Nachlässe namhafter Altertumswissenschaftler und Bauforscher, sowie Grabungsdokumentationen. Die Archivbestände sind seit 2012 größtenteils in zwei neu geschaffenen Archivräumen untergebracht.

Die Bestände der Vorkriegs- und Kriegszeit (1924-1944, einzelne Archivalien bis 1887) konnten 2013 für die Forschung zugänglich gemacht werden. Dieser Teilbestand ist, soweit feststellbar, vollständig erhalten. Er umfasst in 127 Verzeichniseinheiten die dienstliche Korrespondenz von Martin Schede aus seiner Zeit als Leiter der Station der Staatlichen Museen zu Berlin in Konstantinopel (1924-1929) und nachfolgend der DAI-Abteilung Konstantinopel, die 1930 in Abteilung Istanbul umbenannt wurde.

Zu den nach dem Krieg hinzugefügten Beständen zählen beispielsweise die (Teil-)Nachlässe einiger bedeutender Wissenschaftler wie Ernest Mamboury, Alfons Maria Schneider und Wolfgang Müller-Wiener.

Neben dem Abteilungsarchiv finden sich an der Istanbuler Abteilung das Fotoarchiv (s. Fotothek), das Pergamonarchiv und das Archiv der Grabung Boğazköy. Die Bestände  der Grabungsarchive bilden weiterhin eine wichtige Quelle für die Erforschung der jeweiligen Grabungsplätze. Teile der Grabungsarchive befinden sich an der Zentrale des DAI in Berlin. Sie werden separat geführt und vom Abteilungsarchiv lediglich betreut. Aufgrund der langen und wechselhaften Grabungsgeschichte Pergamons verteilen sich die Archivalien des Pergamonarchivs außer Istanbul auf fünf weitere Standorte, an denen vor allem ältere Dokumente, die bis ins Jahr 1878 zurückreichen, aufbewahrt werden (Berlin, DAI-Zentrale; Berlin SMB Antikensammlung; München, DAI-AEK; Istanbul, DAI-Abt.; Bergama, DAI-Grabungshaus; Athen, DAI-Abt).

Die Digitalisierung und freien Zugänglichkeit der Archivdokumente ist ein wichtiger Bestandteil der Archivarbeit. . Die Digitalisate werden mit Hilfe der Archivierungssoftware AtoM erfasst und so nicht nur in der iDAI.archives virtuell zugänglich gemacht, sondern auch eindeutig ihrem physischen Lagerort zugeordnet werden.