Im Jahr 1929 wurde das seit 1906 bestehende Deutsche Institut für ägyptische Altertumskunde als Abteilung Kairo in das Deutsche Archäologische Institut eingegliedert. Während der Geschäftsauftrag zunächst die Unterstützung von deutschen Projekten, Institutionen und Wissenschaftlern in Ägypten vorsah, wurde der Forschungsauftrag seit der Eingliederung in das DAI neu definiert. Seit dem und bis heute „pflegt [das Institut] keineswegs nur allein die Wissenschaft vom Alten Ägypten, sondern es sucht auch die vorgeschichtlichen Kulturen, die klassische Antike, die frühchristliche und byzantinische Kunst und das weite Gebiet des Islam in Ägypten in seinen Wirkungskreis zu ziehen“ (H. Stock).

Obwohl heutzutage der geographische Schwerpunkt auf dem ägyptischen Niltal liegt, werden auch die Wüstengebiete der Ostsahara mit den Oasen der libyschen Wüste, die Wüstengebirge zwischen dem Niltal und dem Roten Meer sowie die Sinai-Halbinseln betrachtet. Einige Fragestellungen erfordern es den Blick auf Gebiete außerhalb der Grenzen der Republik Ägypten zu richten, auch um die bereits ab dem Neolithikum weitreichenden interregionalen Netzwerke wie etwa zum mittleren und oberen Nil (im Sudan, Äthiopien und Eritrea), zur Levante und dem oberen Euphrat sowie dem Norden Afrikas (Libyen) zu erforschen.

Chronologisch reicht das Arbeitsfeld von der Prähistorie Ägyptens, den neolithischen und chalkolithischen Kulturen des 5. und 4. Jts. v. Chr., über die pharaonische Zeit, die hellenistische und römische Periode, das spätantik-frühbyzantinische Ägypten und die durch den Islam geprägten Epochen bis in die Gegenwart.

Die archäologischen Plätze, an denen sich die Abteilung Kairo engagiert, repräsentieren unterschiedliche Phasen der ägyptischen Geschichte, oft in langen historischen Sequenzen. Typologisch stehen alte Stadtanlagen (Elephantine, Buto, das historische Kairo) neben Monumentalnekropolen (Dahschur, Saqqara, Abydos, Luxor/Theben-West), Tempelanlagen (Totentempel Amenhotep III./Luxor), aber auch Werkplätzen und Wegestationen (z.B. Orte mit Felsbilder und –inschriften im Assuaner Raum). Geleitet ist diese Wahl durch den Wunsch historisch- und funktional-komplexe Kontexte (auch in ihrer naturräumlichen Einbettung) zu erfassen, um die Vielfalt der historisch-kulturellen Wirklichkeit und ihrer Transformationen an signifikanten Beispielen in den Blick zu nehmen.

Die Abteilung unterhält sowohl langfristige Engagements an Fundorten, mit breit angelegten Fragestellungen (Elephantine, Dahschur und Buto) als auch kleiner angelegten Projekten, die erlauben innovative Arbeitsfelder zu betreten. Methodisch werden bei den Untersuchungen die Archäologie, inkl. naturwissenschaftlich-technischer, denkmalkundlicher, kunsthistorisch-ikonographischer und bauforscherischer Ansätze, sowie die Philologie, Epigraphik und Papyrologie eingesetzt.

Die Abteilung Kairo nimmt Impulse aus dem Gastland  auf und möchte die Entwicklung der Archäologie in Ägypten durch umfassende Kooperation zu fördern. Dem Transfer von Sach- und Methodenwissen kommt in der Projektdurchführung und in Lehrveranstaltungen der Nachwuchsförderung ein zentraler Stellenwert zu. Auch die Baudenkmalpflege, die Restaurierung bedeutender Fundobjekte und die nachhaltige Herrichtung der anvertrauten Plätze für Besucher sind stets ein integraler Bestandteil der Forschungsprojekte.

Die Abteilung Kairo versteht sich immer auch als ein notwendiges Komplement zur deutschen universitären Forschung. Insbesondere ermöglicht sie es dem wissenschaftlichen Nachwuchs, im Rahmen teils längerer und selbstverantwortlicher Mitwirkungen in allen Arbeitsbereichen, fachliche Kenntnisse und Orientierungen, aber auch internationale, kollegiale Kontakte und interkulturelle Kompetenzen zu erwerben, wie sie nur aus der Arbeits- und Lebenspraxis in Ägypten erwachsen können.