Das Archiv umfasst Geschäftsakten, Korrespondenzen, Berichte, Zeitungsartikel, administrative und wissenschaftliche Unterlagen ab dem Jahr 1895. Aufgrund der wechselhaften Geschichte ist die Sammlung nicht mehr vollständig erhalten und auf zwei Standorte, DAI Kairo und DAI Berlin, verteilt.
Das Archiv setzt sich aus drei Bestandsgruppen zusammen: den Institutsakten, den Nachlässen und den Grabungsarchiven abgeschlossener und laufender Projekte. Weitgehend getrennt davon sind die Fotografien, die in der der Fotothek der Abteilung verwahrt werden.

Die Bestandsgeschichte des Archivs Kairo ist so divers wie dessen Unterlagen. Der größte Teil der Unterlagen ist in den Räumlichkeiten des DAI Kairo gelagert. Einige Institutsakten, bestimmte Grabungsunterlagen sowie der Nachlass von Werner Kaiser befinden sich aber im DAI Berlin am Hohenzollerndamm.
Viele Bereiche und Sammlungen sind bislang nur in Ansätzen erschlossen. Seit 2019 sind die Archivarbeiten am DAI Kairo wieder verstärkt in den Fokus gerückt. Dazu gehören zum einen die fortschreitenden Arbeiten an den Institutsakten und Nachlässen, zum anderen aber auch die Strukturierung und Erfassung der Grabungsarchive. Neben verschiedenen Digitalisierungsprojekten wurden die bisherigen Findmittel aktualisiert bzw. entsprechende Datenbanken aufgebaut. Ziel ist eine Einbindung inkl. Sichtung gescannter Dokumente über dem Archivportal iDAI.archives des DAI bzw. je nach Objektgattung wird auch eine Veröffentlichung auf iDAI.objects angestrebt.
Künftig sollen die Archivarbeiten im DAI Kairo nicht nur online verfügbar sein, sondern auch in den Austausch mit anderen Facharchiven in Ägypten bei Tagungen, Workshops usw. eingebunden werden. Ein erster Meilenstein dazu war der Workshop „Pioneers in Egyptology: Archives and Writings“ im Januar 2020, der von M. Tolba organisiert wurde. Inspiriert wurde er dazu durch seine Arbeiten im Fakhry-Nachlass.
Durch die Beschäftigung mit den Berichten, Notizen und Tagebüchern, aber vor allem mit dem Nachlass von Ludwig Keimer wurde bereits 2011 die Publikationsreihe Menschen – Reisen – Forschungen initiiert, in der mittlerweile 5 Bände erschienen sind. Der Archivbestand floss auch weitreichend in die Forschungen von S. Voss über die Geschichte der Abteilung Kairo ein, die im Rahmen des Forschungsclusters 5 des DAI ab 2006 durchgeführt wurden.