Seit Beginn der 2000er Jahre führte die Kommission für Archäologie Außereuropäischer Kulturen des DAI zunächst in enger Kooperation mit dem Institut für Archäologie der Mongolischen Akademie der Wissenschaften und der Rheinischen Friedrich-Wilhelms Universität Bonn im Rahmen der Mongolisch-Deutschen Karakorum-Expedition Ausgrabungen in der altmongolischen Hauptstadt Karakorum durch.

Seit 2007 wird im Rahmen der Kooperation Mongolisch-Deutsche Orchon Expedition, zu der die mongolische Akademie der Wissenschaften, die Nationaluniversität der Mongolei und die Kommission für Archäologie Außereuropäischer Kulturen gehören die Weltkulturerbestätte Orchontal erforscht. Der bisherige Fokus liegt dabei auf der frühuighurischen Hauptstadt Karabalgasun. Ein weiteres erfolgreiches Projekt der Zentrale des DAI in Zusammenarbeit mit russischen und mongolischen Wissenschaftlern bildete die Ausgrabung eines Eiskurgans im mongolischen Altaj (Olon Guuriin Gol) im Sommer 2006.

Aufgrund dieser vielfältigen Unternehmungen fasste das DAI gemeinsam mit dem Institut für Archäologie der Mongolischen Akademie der Wissenschaften den Beschluss, eine eigene Forschungsstelle in Ulaanbaatar einzurichten. Dank einer großzügigen Spende der Theodor-Wiegand-Gesellschaft konnte diese Forschungsstelle am 21. August 2007 durch den damaligen Präsidenten des DAI, Prof. Dr. H. Parzinger, in Anwesenheit des damaligen Präsidenten der Mongolischen Akademie der Wissenschaften, Prof. Dr. B. Chadraa, sowie des damaligen deutschen Botschafters, Herr Pius Fischer, eröffnet werden. Sie soll ein Zeichen setzen für die Präsenz des DAI in der Mongolei und für den erklärten Willen, auch bis in fernere Zukunft an der archäologischen Erforschung der Mongolei kontinuierlich mitzuwirken.