Das international ausgeschriebene Jacobi-Stipendium ermöglicht Doktorand:innen der Alten Geschichte und eng verwandter Fächer dreimonatige Gastaufenthalte an der Kommission für Alte Geschichte und Epigraphik. Das im Jahr 2005 dank einer testamentarischen Stiftung von Annemarie Jacobi eingerichtete Jacobi-Programm wird seither maßgeblich von der Elise-und-Annemarie-Jacobi-Stiftung und der Gerda Henkel Stiftung finanziert. Es hat gemäß dem Willen von Annemarie Jacobi bis heute mehr als 100 Doktorand:innen aus aller Welt bei der Abfassung oder Publikationsvorbereitung ihrer Dissertation gefördert. Das Stipendium wird viermal im Jahr jeweils sechs Monate im Voraus vergeben. Es umfasst kostenlose Unterbringung in einem Appartment in unmittelbarer Nähe der Kommission, die Übernahme der An- und Abreisekosten und einen monatlichen Zuschuss zum Lebensunterhalt. Die Stipendiat:innen erhalten während ihres Aufenthalts einen Arbeitsplatz in der Bibliothek und haben Zugang zu allen internen und öffentlichen Veranstaltungen an der Kommission. Darüber hinaus profitieren sie vom wissenschaftlichen Austausch mit den Mitarbeiter:innen und anderen Forschungsgästen der Kommission.