Mit dem Zusammenbruch der Sowjetunion und ihrer Satelliten-Staaten öffnete sich der eiserne Vorhang und schuf Raum für wissenschaftliche Kooperationen, die mehr als 70 Jahre nicht möglich waren. Wissenschaftler wie Gero von Merhart oder Arne Tallgren, konnten schon bald nach der russischen Revolution ihre wissenschaftlichen Kontakte nicht mehr aufrecht halten und wandten sich anderen Forschungen zu.
Die Gründung der Eurasien-Abteilung 1995 war auch deshalb mit großen Erwartungen in eine neue kooperative wissenschaftliche Erforschung des Doppelkontinents verbunden. Hermann Parzinger, der Gründungsdirektor der Eurasien-Abteilung, legte den Grundstein für erfolgreiche wissenschaftliche Kooperationen besonders mit russischen Partnerinstitutionen. Die Aufdeckung des goldreichen Grabs 2 von Aržan war ein Höhepunkt der skythischen Archäologie und strahlender Mittelpunkt einer Ausstellung 2006 im Berliner Martin-Gropius Bau. In den folgenden Jahren wurden eine Reihe sehr erfolgreicher kooperativer Forschungen auf der Taman'-Halbinsel, im Ural, in Sibirien, in Zentralasien und Pakistan, sowie im Kaukasus durchgeführt.
Eine Erweiterung erfolgte im Jahre 1996, als die ehemalige Abteilung Teheran als Außenstelle der Eurasien-Abteilung angegliedert wurde. Dies erlaubte die Verbindungen der iranischen Kulturen mit dem mittelasiatischen Raum und dem Vorderen Orient in unsere Forschungen einzubeziehen. 
Die 2009 eingerichtete Außenstelle in Peking wurde der Ausgangspunkt für Forschungen in Ostasien. 
Mit dem russischen Krieg gegen die Ukraine werden nicht nur die politischen und wirtschaftlichen, sondern auch die wissenschaftlichen und kulturellen Kooperationen mit Institutionen der russischen Föderation vermutlich lange Zeit nicht mehr möglich sein. So werden wir die archäologische Erforschung Eurasiens in anderen Regionen fortführen.