Die Zentrale des Deutschen Archäologischen Instituts in Berlin umfasst den Präsidialbereich, die Hauptverwaltung (ZHV), die Wissenschaftliche Abteilung der Zentrale (ZWA) und die Zentralen Wissenschaftlichen Dienste (ZWD). Der Präsidialbereich unterstützt die Präsidentin in der Leitung des Institutes. Als übergeordnete Bereiche sind ihm das Präsidialbüro, der Arbeitsstab Kommunikation und die Innenrevision zugeordnet. Die Hauptverwaltung unterstützt als übergeordnete Dienstleistungsabteilung die wissenschaftlichen Aufgaben und Ziele des Forschungsinstituts. zu ihre Aufgaben gehört alles rund um das Personal und die Finanzen sowie die technischen und baulichen Voraussetzungen, diverse Planungs- und Organisationsaufgaben und die Verwaltungsbetreuung der Forschungs- und Drittmittelprojekte des Instituts. Um die zentralen Aufgaben für Forschung und Forschungsinfrastrukturen auch in Zukunft hervorragend erfüllen zu können, wurden aus der Wissenschaftlichen Abteilung der Zentrale heraus 2019 die Zentralen Wissenschaftlichen Dienste als neue Organisationseinheit gegründet. So wurde der Entwicklung Rechnung getragen, dass die Grenzen zwischen den traditionellen Medien, Arbeitseinheiten und -prozessen durch die Digitalisierung in den vergangenen Jahren immer durchlässiger und teilweise aufgehoben wurden. Die ZWD unterstützen zentral den Aufbau, Betrieb und die Weiterentwicklung der analogen und digitalen Informationsinfrastrukturen für das gesamte DAI. Die Wissenschaftliche Abteilung der Zentrale nimmt Querschnittsaufgaben in der Forschung war, vor allem im Bereich der historischen Bauforschung und den archäobiologischen Naturwissenschaften, und ist zentraler Hub für die Großprojekte NFDI4Objects und KulturGutRetter (KGR).